第一百八十三章 老裘,你的病有救啦!()
在采集到青苔样本、并且粗略见识过它的神奇后。
徐云立刻肯定了一件事:
这就是系统所给的奖励!
并且从周围这块区域的卫生情况来看,它的效果似乎不止是净化腐肉那么简单。
毫无疑问。
这是一个极具价值的发现。
或者从严格意义上来说,应该归类于准发现。
因为徐云目前还不知道它的净化方式,更不知道起作用的究竟是青苔的植物体本身,还是其中生存着的某种微生物。
随后他将这片青苔小心的存放到了采样盒中,沿着原路返回,重新爬回了地面。。
待他刚一冒头,等候在此的郭雨婷几人便上前道:
“徐神,底下有什么发现吗?”
徐云点点头,沉吟片刻,道:
“有个疑似的不明发现,但具体情况现在还没办法下定论。”
“这样,小郭,你让师傅们先把这口井的井盖盖上,先去下一个地点采样,学校那边我去解释。”
郭雨婷似懂非懂的点点头:
“哦,好的。”
随后徐云亲眼看着检修工人将井盖盖上,确定封装完毕后,又对郭雨婷道:
“小郭,你们周五记得到医学中心四楼找我,到时候给你们安排工作,我这儿有事,先忙去了哈。”
说完不等郭雨婷回答,他便转身匆匆离开了现场。
目前他对青苔样本的可存活时间以及其他信息一无所知,因此必须尽早赶回实验室,对样本进行检测。
东南门距离医学中心的距离不算近,一個在中区一个在东区最外角,实际路程接近五公里。
因此徐云足足小跑了半个小时,方才赶到了医学中心楼下。
不过在跑步的过程中,他忽然发现了一件事:
也不知是不是受在北宋练习的《来夫剑诀》影响,自己的身体素质似乎.......
好了那么一丢丢?
徐云的体型不算胖也不算瘦,但由于长期泡实验室和图书馆的缘故,一直都处在一个亚健康状态。
五公里跑倒是跑的动,但绝不可能像现在这样呼吸匀称。
难道说在副本中增加的身体素质,同样会反馈到现实的躯体中?
这就有些意思了。
不过考虑眼下的当务之急主要还是研究青苔,因此徐云只能暂时将这股好奇压在心底。
匆匆进入电梯,来到了实验室。
当他抵达实验室外时。
裘生、李昳、任永存和周佩瑶等人已经提前收到了他的通知,齐齐等候在了门外。
“老裘,小李,小任,小周。”
徐云依次与他们几人打了个招呼,随后扬了扬手中的样本容器,说道:
“时间紧迫,客套话我就不说了,还请大家辛苦一下,帮忙把这份样本给鉴定鉴定。”
裘生等人齐齐点头:
“明白!”
在之前研究第五代吡虫啉的时候,徐云为了方便成员之间的联络,特意建了一个七人的微信聊天群组。
刚刚在赶路的过程中。
他便是通过群组的语音功能简单描述了一下自己的发现,并且让大家尽快赶到实验室。
这才有了上头众人等候在门外的一幕。
此时的课题组虽然已经超过了期限,理论上是要收回的。
但由于徐云搞出的吡虫啉前景广泛,科大方面便很大方的将这间BSL-3级别的实验室无限期的借予了徐云。
至于BSL-3的性质嘛......
由于涉及一些敏感话题,此处便不再过多介绍了。
总之,要比一般的生物医药实验室配置高很多。
进入实验室后。
众人很快各自落位,迅速进入了实验状态。
先前提及过。
整片青苔的净化能力源头,一共有两种可能:
一,青苔是一种未被发现过的新型植物,可以分泌净化的物质。
二,青苔中伴生或者寄生着某种、甚至多重未知的微生物。
因此徐云他们做的第一件事,便是确定青苔净化能力的来源。
十五分钟后。
周佩瑶从电子显微镜上抬起头,对徐云道:
“徐神,我核对了FOC和华夏植物志,青苔从形态上符合常见的水生类苔藓。”
“另外基因的ITS也测出来了,没有变异迹象,可以断定它不是新物种,自身不存在净化能力。”
徐云面色平静的点了点头。
周佩瑶的实验结果很明了,直接排除了第一种可能性。
因此具备洁净效果的,应该就是青苔中存在的某种微生物了。
这个答案并不意外。
目前地球上已经发现的微生物——包括细菌、真菌、藻类等在内,总数大约有两百多万。
至于未被发现的数量就更多了,并且波动很大。
众所周知。
目前推测生物种数一共有两类方法:
一类是直接请分类学专家通过理论推算,评估世界上可能还有多少物种待发现。
另一类方法是根据已详细调查区域的物种数量,外推至全球的总物种数。
然而,这些方法有许多假设与限制,使得推算的总物种数差异甚大。
最低的推算数值是三百万,最高的甚至达到了一个亿。
目前接受度比较高的一个数字,是由夏威夷大学马诺阿分校CamiloMora教授提出来的:
870万,不包括病毒。
他是应用生物分类阶层——也就是生物课本里学过的界门纲目科属种的数量趋势,推估出出来的这个数字(org/content/113/21/5970)
例如某动物门=10纲=100目=1000科=10000属=100000种,同时不同类群的分类阶层数量有相似的趋势,且高阶分类相对于种较稳定。
因此经过一系列的模拟,最终可推估得到较可信的总物种数。
CamiloMora教授的这篇论文是目前全球被引用次数最多的统计文稿之一,也算是个比较权威的推论了。
870万对比200万。
因此在青苔之中发现某种甚至多种微生物的存在,徐云真的一点儿都不惊讶。
随后他沉思片刻,对裘生道:
“老裘,先做16S相似度检测吧。”
裘生点点头,飞快的带上套...手套,说道:
“行,我立马就做。”
一般来说。
如果是培养皿培育出的菌株,检测或者对比的难度往往都不高。
但对象若是自然界富集的样本,操作起来就比较麻烦了。
徐云所说的16S相似度检测,指的是核糖体小亚基的RNA组分检测。
也就是16SrRNA。
这部分长度大约1500nt,不同物种略有差异,算是目前主流的九大新物检测步骤之一。
五分钟后。
裘生抬起头,对徐云道:
“老徐,准备好了,引物你觉得用啥?”
徐云想了想,很快道:
“1492R吧。”
“好嘞!”
半个小时后。
裘生抬起头,打了个响指:
“搞定,扩出来了,BLAST的密匙你有吧?”
徐云朝他竖起一根大拇指示意干得漂亮,随后走到操作台边,噼里啪啦的输了一大串密匙。
做过新种检测的同学应该都知道。
16S相似度检测的界限其实有些模糊,因为不同分类群的检测相似度阈值是不一样的。
比如有的是97%,有的是99%。
只是在通常情况下。
相似度超过97%的,就可以认为是一个物种。
相似度低于97%的,就可以认为是不同物种,进行下一阶段检测。
不过就是这样一种不太精细的检测手段,却依旧是很多新物检测迈不过去的一道坎:
大部分样本在经过检测之后,都会发现相似度在%以上,与其他某某微生物是同一物种。
总而言之。
这项技术在定属方面还是靠谱的。
又过了一会儿。
裘生一脸惊喜的抬起头,声音骤然拔高了几分:
“老徐,相似度%,%!!”
“毫无疑问,这是一类新物!”
徐云认真的看了他一眼,确认道:
“只有一种新物吗?”
“没错,只有一种!”
徐云若有所思的点点头,又道:
“那就继续上磷脂脂肪酸和呼吸醌鉴定吧。”
众所周知。
新物鉴定一般都有九个流程:
1、16S相似度。
2、形态学观察。
比如这个菌的形状、大小、鞭毛情况等等,还包括最适生长条件的确定。
3、磷脂脂肪酸鉴定,这个具有属特异性。
4、呼吸醌,也就是看一下占优势的呼吸醌是哪种,这个有种特异性。
5、分子杂交,也就是测定基因组序列,草图就行,然后跟近源物种去比较。
相似度超过70%是一个种,低于70%是不同物种。
6、碳源利用情况,看一下能利用哪些碳源,一共有95种碳源的测试。
7、API试剂盒鉴定,生理生化鉴定的一方面。
8、GC含量。
9、革兰氏染色。
大概经过这些方面的检查,就可以确定是不是新种了。(注:不知道这样写的比较详细大家愿不愿意看?这种详细流程应该没有其他书写过,找人问其实很麻烦的,要是还被嫌水下次我就不写了)
其中第五个流程,也就是分子杂交这次可以直接忽略——毕竟第一部测出来的%实在是差距太明显了。
考虑到时间问题,徐云将几个步骤逐一分工,由几位工具人...咳咳,课题组成员同步进行。
五个小时后。
一道最终报告出炉了。
“节丛孢属的一类全新微生物,1000倍油镜下可观察到形态,体外具备大量假丝。”
“这种假丝可以分离,与目标结合完成某种化合反应,这是...秃头攻击?”
“一片青苔中可以高密度富集8000单位的极少量新物,特性上与嗜酸乳杆菌有一定类似...嗯?”
随后看着其中的一栏报告,徐云有些疑惑的抬起头,对裘生问道:
“老裘,新物对食物残渣的净化效果最为明显?”
裘生点了点头,指着不远处的一个培养皿道:
“经过我们的初步检测,这种新型微生物可以有效遏制残渣中氨气、有机酸和硫化物的生成。”
“并且对奈瑟氏菌和厌氧链球菌之类的细菌,有着极强的杀伤力。”
徐云微微一愣:
“奈瑟氏菌和厌氧链球菌?”
不过很快,他便反应了过来:
这两种西军,都是人体唾液和牙龈的标准分泌物之一:
每一毫升的普通唾液里可以寻找出奈瑟氏菌8000万个,在每一克牙龈分泌物中更是可以寻找出10亿个厌氧链球菌。
在食堂里吐出骨头啦、吐出西红柿皮啦、吐出半截蛆虫时沾染上这些细菌,最后流入下水管道是很正常的事情。
接着徐云指着报告,对裘生说道:
“老裘,新种只对食物残渣和唾液细菌有效吗?”
裘生沉吟片刻,答道:
“准确的说,新种对于其他一些臭味源也有一定的扼制作用,但效果都远不如食物残渣和唾液细菌。”
徐云疑惑的看了他一眼,问道:
“其他臭味源,都有哪些?”
裘生立时掰持起了手指:
“厕所里的小八小汉堡,还有小李找他室友要来的一小片两个礼拜没洗的手袜子,还有.......”
“停停停,打住打住!”
徐云额头顿时冒出了一股黑线,连忙止住了裘生的描述。
随后他强迫自己平复了一番心情,继续道:
“得,你干脆直接报数据吧。”
裘生很是恶趣味的一笑,又从桌上拿起了另一份报告:
“比起其他臭味源,新种对于食物残渣和唾液细菌的效果简直可以用逆天来形容。”
“比如我们富集到的一个新种植株,生物效能才8000单位,小的可怜。”
“可它将一块立方厘米大小的食物残渣彻底净化干净的时间,前后也不过二十分钟罢了。”
说着说着,裘生不由在徐云面前比划了个8的手势:
“这才8000单位啊,你看现在青霉素的单位,哪个不是百万级起步?”
“老徐,你知道这意味着什么吗?”
徐云沉默片刻,随后眉头一掀:
“代表着......你的口臭有救了?”
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并且从周围这块区域的卫生情况来看,它的效果似乎不止是净化腐肉那么简单。
毫无疑问。
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或者从严格意义上来说,应该归类于准发现。
因为徐云目前还不知道它的净化方式,更不知道起作用的究竟是青苔的植物体本身,还是其中生存着的某种微生物。
随后他将这片青苔小心的存放到了采样盒中,沿着原路返回,重新爬回了地面。。
待他刚一冒头,等候在此的郭雨婷几人便上前道:
“徐神,底下有什么发现吗?”
徐云点点头,沉吟片刻,道:
“有个疑似的不明发现,但具体情况现在还没办法下定论。”
“这样,小郭,你让师傅们先把这口井的井盖盖上,先去下一个地点采样,学校那边我去解释。”
郭雨婷似懂非懂的点点头:
“哦,好的。”
随后徐云亲眼看着检修工人将井盖盖上,确定封装完毕后,又对郭雨婷道:
“小郭,你们周五记得到医学中心四楼找我,到时候给你们安排工作,我这儿有事,先忙去了哈。”
说完不等郭雨婷回答,他便转身匆匆离开了现场。
目前他对青苔样本的可存活时间以及其他信息一无所知,因此必须尽早赶回实验室,对样本进行检测。
东南门距离医学中心的距离不算近,一個在中区一个在东区最外角,实际路程接近五公里。
因此徐云足足小跑了半个小时,方才赶到了医学中心楼下。
不过在跑步的过程中,他忽然发现了一件事:
也不知是不是受在北宋练习的《来夫剑诀》影响,自己的身体素质似乎.......
好了那么一丢丢?
徐云的体型不算胖也不算瘦,但由于长期泡实验室和图书馆的缘故,一直都处在一个亚健康状态。
五公里跑倒是跑的动,但绝不可能像现在这样呼吸匀称。
难道说在副本中增加的身体素质,同样会反馈到现实的躯体中?
这就有些意思了。
不过考虑眼下的当务之急主要还是研究青苔,因此徐云只能暂时将这股好奇压在心底。
匆匆进入电梯,来到了实验室。
当他抵达实验室外时。
裘生、李昳、任永存和周佩瑶等人已经提前收到了他的通知,齐齐等候在了门外。
“老裘,小李,小任,小周。”
徐云依次与他们几人打了个招呼,随后扬了扬手中的样本容器,说道:
“时间紧迫,客套话我就不说了,还请大家辛苦一下,帮忙把这份样本给鉴定鉴定。”
裘生等人齐齐点头:
“明白!”
在之前研究第五代吡虫啉的时候,徐云为了方便成员之间的联络,特意建了一个七人的微信聊天群组。
刚刚在赶路的过程中。
他便是通过群组的语音功能简单描述了一下自己的发现,并且让大家尽快赶到实验室。
这才有了上头众人等候在门外的一幕。
此时的课题组虽然已经超过了期限,理论上是要收回的。
但由于徐云搞出的吡虫啉前景广泛,科大方面便很大方的将这间BSL-3级别的实验室无限期的借予了徐云。
至于BSL-3的性质嘛......
由于涉及一些敏感话题,此处便不再过多介绍了。
总之,要比一般的生物医药实验室配置高很多。
进入实验室后。
众人很快各自落位,迅速进入了实验状态。
先前提及过。
整片青苔的净化能力源头,一共有两种可能:
一,青苔是一种未被发现过的新型植物,可以分泌净化的物质。
二,青苔中伴生或者寄生着某种、甚至多重未知的微生物。
因此徐云他们做的第一件事,便是确定青苔净化能力的来源。
十五分钟后。
周佩瑶从电子显微镜上抬起头,对徐云道:
“徐神,我核对了FOC和华夏植物志,青苔从形态上符合常见的水生类苔藓。”
“另外基因的ITS也测出来了,没有变异迹象,可以断定它不是新物种,自身不存在净化能力。”
徐云面色平静的点了点头。
周佩瑶的实验结果很明了,直接排除了第一种可能性。
因此具备洁净效果的,应该就是青苔中存在的某种微生物了。
这个答案并不意外。
目前地球上已经发现的微生物——包括细菌、真菌、藻类等在内,总数大约有两百多万。
至于未被发现的数量就更多了,并且波动很大。
众所周知。
目前推测生物种数一共有两类方法:
一类是直接请分类学专家通过理论推算,评估世界上可能还有多少物种待发现。
另一类方法是根据已详细调查区域的物种数量,外推至全球的总物种数。
然而,这些方法有许多假设与限制,使得推算的总物种数差异甚大。
最低的推算数值是三百万,最高的甚至达到了一个亿。
目前接受度比较高的一个数字,是由夏威夷大学马诺阿分校CamiloMora教授提出来的:
870万,不包括病毒。
他是应用生物分类阶层——也就是生物课本里学过的界门纲目科属种的数量趋势,推估出出来的这个数字(org/content/113/21/5970)
例如某动物门=10纲=100目=1000科=10000属=100000种,同时不同类群的分类阶层数量有相似的趋势,且高阶分类相对于种较稳定。
因此经过一系列的模拟,最终可推估得到较可信的总物种数。
CamiloMora教授的这篇论文是目前全球被引用次数最多的统计文稿之一,也算是个比较权威的推论了。
870万对比200万。
因此在青苔之中发现某种甚至多种微生物的存在,徐云真的一点儿都不惊讶。
随后他沉思片刻,对裘生道:
“老裘,先做16S相似度检测吧。”
裘生点点头,飞快的带上套...手套,说道:
“行,我立马就做。”
一般来说。
如果是培养皿培育出的菌株,检测或者对比的难度往往都不高。
但对象若是自然界富集的样本,操作起来就比较麻烦了。
徐云所说的16S相似度检测,指的是核糖体小亚基的RNA组分检测。
也就是16SrRNA。
这部分长度大约1500nt,不同物种略有差异,算是目前主流的九大新物检测步骤之一。
五分钟后。
裘生抬起头,对徐云道:
“老徐,准备好了,引物你觉得用啥?”
徐云想了想,很快道:
“1492R吧。”
“好嘞!”
半个小时后。
裘生抬起头,打了个响指:
“搞定,扩出来了,BLAST的密匙你有吧?”
徐云朝他竖起一根大拇指示意干得漂亮,随后走到操作台边,噼里啪啦的输了一大串密匙。
做过新种检测的同学应该都知道。
16S相似度检测的界限其实有些模糊,因为不同分类群的检测相似度阈值是不一样的。
比如有的是97%,有的是99%。
只是在通常情况下。
相似度超过97%的,就可以认为是一个物种。
相似度低于97%的,就可以认为是不同物种,进行下一阶段检测。
不过就是这样一种不太精细的检测手段,却依旧是很多新物检测迈不过去的一道坎:
大部分样本在经过检测之后,都会发现相似度在%以上,与其他某某微生物是同一物种。
总而言之。
这项技术在定属方面还是靠谱的。
又过了一会儿。
裘生一脸惊喜的抬起头,声音骤然拔高了几分:
“老徐,相似度%,%!!”
“毫无疑问,这是一类新物!”
徐云认真的看了他一眼,确认道:
“只有一种新物吗?”
“没错,只有一种!”
徐云若有所思的点点头,又道:
“那就继续上磷脂脂肪酸和呼吸醌鉴定吧。”
众所周知。
新物鉴定一般都有九个流程:
1、16S相似度。
2、形态学观察。
比如这个菌的形状、大小、鞭毛情况等等,还包括最适生长条件的确定。
3、磷脂脂肪酸鉴定,这个具有属特异性。
4、呼吸醌,也就是看一下占优势的呼吸醌是哪种,这个有种特异性。
5、分子杂交,也就是测定基因组序列,草图就行,然后跟近源物种去比较。
相似度超过70%是一个种,低于70%是不同物种。
6、碳源利用情况,看一下能利用哪些碳源,一共有95种碳源的测试。
7、API试剂盒鉴定,生理生化鉴定的一方面。
8、GC含量。
9、革兰氏染色。
大概经过这些方面的检查,就可以确定是不是新种了。(注:不知道这样写的比较详细大家愿不愿意看?这种详细流程应该没有其他书写过,找人问其实很麻烦的,要是还被嫌水下次我就不写了)
其中第五个流程,也就是分子杂交这次可以直接忽略——毕竟第一部测出来的%实在是差距太明显了。
考虑到时间问题,徐云将几个步骤逐一分工,由几位工具人...咳咳,课题组成员同步进行。
五个小时后。
一道最终报告出炉了。
“节丛孢属的一类全新微生物,1000倍油镜下可观察到形态,体外具备大量假丝。”
“这种假丝可以分离,与目标结合完成某种化合反应,这是...秃头攻击?”
“一片青苔中可以高密度富集8000单位的极少量新物,特性上与嗜酸乳杆菌有一定类似...嗯?”
随后看着其中的一栏报告,徐云有些疑惑的抬起头,对裘生问道:
“老裘,新物对食物残渣的净化效果最为明显?”
裘生点了点头,指着不远处的一个培养皿道:
“经过我们的初步检测,这种新型微生物可以有效遏制残渣中氨气、有机酸和硫化物的生成。”
“并且对奈瑟氏菌和厌氧链球菌之类的细菌,有着极强的杀伤力。”
徐云微微一愣:
“奈瑟氏菌和厌氧链球菌?”
不过很快,他便反应了过来:
这两种西军,都是人体唾液和牙龈的标准分泌物之一:
每一毫升的普通唾液里可以寻找出奈瑟氏菌8000万个,在每一克牙龈分泌物中更是可以寻找出10亿个厌氧链球菌。
在食堂里吐出骨头啦、吐出西红柿皮啦、吐出半截蛆虫时沾染上这些细菌,最后流入下水管道是很正常的事情。
接着徐云指着报告,对裘生说道:
“老裘,新种只对食物残渣和唾液细菌有效吗?”
裘生沉吟片刻,答道:
“准确的说,新种对于其他一些臭味源也有一定的扼制作用,但效果都远不如食物残渣和唾液细菌。”
徐云疑惑的看了他一眼,问道:
“其他臭味源,都有哪些?”
裘生立时掰持起了手指:
“厕所里的小八小汉堡,还有小李找他室友要来的一小片两个礼拜没洗的手袜子,还有.......”
“停停停,打住打住!”
徐云额头顿时冒出了一股黑线,连忙止住了裘生的描述。
随后他强迫自己平复了一番心情,继续道:
“得,你干脆直接报数据吧。”
裘生很是恶趣味的一笑,又从桌上拿起了另一份报告:
“比起其他臭味源,新种对于食物残渣和唾液细菌的效果简直可以用逆天来形容。”
“比如我们富集到的一个新种植株,生物效能才8000单位,小的可怜。”
“可它将一块立方厘米大小的食物残渣彻底净化干净的时间,前后也不过二十分钟罢了。”
说着说着,裘生不由在徐云面前比划了个8的手势:
“这才8000单位啊,你看现在青霉素的单位,哪个不是百万级起步?”
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